Seit 1963 werden archäologische Funde von der minoischen bis zur römischen Zeit im imposanten gotischen Kirchenschiff des ehemaligen Franziskanerklosters San Francesco aus dem 13. Jhdt. präsentiert.
Das Museum ist chronologisch aufgebaut. In der historischen Abteilung im Westflügel werden Funde aus der Präfektur Chania ab dem 1. Jahrhundert v. Chr. bis in die Römerzeit gezeigt. Zu den wichtigsten gehören mehrere schöne römische Mosaike aus dem 3. Jahrhundert n. Chr., die man in Häusern in Chania entdeckt hat und die Statue eines Philosophen aus der antiken Stadt Elyros. Außerdem sind griechischer und römischer Schmuck, Skulpturen, Inschriften und Stelen zu sehen.
Wer sich für die minoische Zeit interessiert, findet in der prähistorischen Abteilung im Ostflügel z.B. Tonscherben mit eingeritzten Schriftzeichen der mysteriösen minoischen Linearschrift A und B, die bisher nur teilweise entziffert werden konnte. Außerdem werden Grabbeigaben wie Schmuck, Siegel, Gefäße oder sogar Spielzeug und bemalte Sarkophage ausgestellt.
In einer Sonderausstellung werden Stücke aus der Sammlung von Konstantin Mitsotakis (griechischer Ministerpräsident von 1990 bis 1993) gezeigt, die ebenfalls chronlogisch präsentiert sind und sich über die Zeit zwischen dem 4. Jahrtausend v. Chr und dem 3. Jahrhundert n. Chr. erstrecken. Im schattigen Innenhof findet man ein zehneckiges türkisches Brunnenhaus und einige schöne Kapitelle und Steinmetzarbeiten.
Das Museum ist seit 13. September 2020 geschlossen und soll ab 2021 im komplett neu gebauten „Neuen Archäologischen Museum Chania“ am Odos Skra 15 wiedereröffnet werden.
Es gibt ein Kombiticket mit der „Byzantine and Post Byzantine Collection of Chania“, dem „Archaeological Museum of Kissamos“ und der „Archaeological Site of Aptera“.
Lage: Chalidon 21, Chania, Kreta 73100 (an der Westseite der Odos Chalidon; knapp 100m vor dem Hafen)
Anmerkung: Seit Herbst 2021 ist das Museum als „New Archaeological Museum of Chania“ in neuen Räumlichkeiten im Ortsteil Chalepa untergebracht (Skra 15, Chania, Kreta 73133).
