Im Jahr 2010 ist das Museum, das sich vorher im Rathaus an der Platia Inini im Ortszentrum befand, in einen Neubau direkt neben den Ausgrabungen der antiken Stadt Samos umgezogen.
Der Umzug aus dem engen alten Quartier im Rathaus von Pythagorion hat dem Museum gutgetan: seit Mai 2010 präsentiert dieses Museum auf moderne Weise die bedeutendsten Exponate des antiken Samos. Man findet hier Porträts und teils überlebensgroße Statuen von römischen Kaisern (z.B. von Augustus, Claudius und Trajan), Sakrophage, Grabstelen, Amphoren, Münzen, Schmuck und Teile von Gebäuden aus der antiken Stadt Samos vom 5. Jahrtausend v. Chr. bis zum 7. Jahrhundert n. Chr.
Eintrittsgebühr.
Lage: Archaeological Museum of Pythagoreion, Odos Polykrati, Pythagorion, Samos 831 03 (in der Nähe der Polizeistation)